合同管理中存在的主要問題包括以下幾個方面：
一是有些企業領導對合同管理的重要性認識不夠，沒有建立完善的合同管理機構。企業領導對合同風險缺乏防范意識，沒有認識到合同管理是企業管理不可或缺的重要組成部分。因此在機構設置、人員配備和經費等方面支持不夠。
二是合同管理制度不健全，權責不分明。大多數企業沒有規定嚴謹統一的合同管理制度。由于缺乏統一的依據，各部門權責不分明，意見很難統一，造成權力大家爭、責任大家推的局面。這是企業管理之大忌，最終將給企業帶來重大的隱患。
三是合同管理人員素質不高。許多企業合同管理人員思想品德不過硬，文化水平不高，業務不精通，沒有受過正規的法律教育，缺乏系統的法律知識，無法對合同涉及的各項法律問題作出正確判斷，無法對合同進行有效的管理。
四是合同管理與相關的管理銜接得不好。合同管理機構與其它部門各自為政，缺乏溝通，不能夠博采眾家之長，合同管理與相關的管理相互脫節，造成“1+1＜2”的結果。
五是對合同相對方缺乏資質審查或審查不嚴，對其資質缺乏跟蹤調查。合同條款約定不明確、不規范，用詞不準確，對合同執行情況缺乏監督。在對方違約后，維權意識不強。
六是有些企業合同審批程序復雜，辦事拖拉，造成合同在較長的一段時間內無法簽訂。
